（一）一些中小合同项目没有严格执行招投标制度，部分单项工程被违规转分包。

　　一是左岸电站、右岸电站、地下电站、电源电站48个中小合同（大部分合同金额在1000万元以下）中，有21个未招标，金额3.13亿元，占应招标金额的51%。

　　二是少数施工单位违规转分包，收取管理费5345万元。抽查永久船闸（二期）、左岸电站、右岸电站、地下电站部分工程，合同金额53.01亿元，查出施工单位违规转分包8.65亿元，占16.3%；收取管理费5345万元，占违规转分包金额的6.2%。如2005年1月，三峡总公司将合同金额4953万元的左岸电站装饰工程发包给不具有装饰工程施工资质的宜昌三峡工程建设三七八联营总公司，该公司收取10％管理费后，将全部工程分包给湖南省第四工程公司等3家施工单位。宜昌安联水利水电有限责任公司在永久船闸二期部分主体工程建设中，将6.8亿元的工程分包给18家单位，占结算金额的27%，收取管理费3907万元。

　　（二）部分单项工程监理工作比较薄弱。

　　一是现场监理人员持证上岗率较低。抽查6家监理单位1448名监理人员，其中740人没有监理资质，占51%。如负责主体工程监理业务的长江三峡技术经济发展有限公司（三峡总公司控股，以下简称三峡发展公司）厂坝监理部平均在岗人数为150人，仅有23人具有监理资质，5名总监和副总监中，只有3人具有总监资格。

　　二是少数监理单位未认真履行职责。中南勘测设计研究院、三峡发展公司等监理单位在永久船闸和右岸大坝工程监理中，存在未严格检查工程质量和工程量变更，以及监理记录不规范等问题。

　　三是三峡总公司未经招标，将监理业务直接发包给下属公司。1998年至2006年4月，三峡总公司与三峡发展公司签订347个监理合同，金额3.41亿元。除1个合同外，其余346个均未招标，占合同金额97%。其中153个合同采取先开展业务后补办协议的做法。

　　（三）部分材料长期闲置。

　　一、二期工程建设期间购置的4235万元设备长期闲置未用，包括2074万元备品备件，以及价值2161万元的550只集装箱。

　　（四）未严格落实工程质量事故责任追究制度。

　　经国务院质量检查专家组检查认定，工程开工以来，共出现过左岸大坝混凝土裂缝、左岸电站水轮机蜗壳导流板撕裂等37项质量事故或缺陷，经及时处理和验收后，均满足设计要求。上述质量事故或缺陷中，除7项是由于结构、自然气候变化等复杂因素引起，属于非责任主体行为外，其余30项中，有25项没有明确责任主体，也未对责任单位或个人进行处理处罚，22项未按规定形成事故处理报告。

　　（五）因结算管理和合同管理不够严格增加建设成本4.88亿元。

　　一是抽查11个单项工程186.6亿元结算金额，查出已完工程多结算1.59亿元。包括：因施工单位多计工程量、高套单价等原因，多支付8家施工单位工程款1.17亿元；多付3家施工单位物资采购费用398万元；因没有调减价格指数为负值的机械费和材料费价差，多付5家施工单位3777万元。

　　二是因勘察失误等原因造成损失浪费540万元。

　　三是超出合同约定以奖励或补偿方式多支付施工单位3.24亿元。包括：超标准或重复向施工单位发放各种奖励1.96亿元；违反合同约定补偿超挖超填混凝土费用1.28亿元。

　　（六）未经批准将306亩建设用地用于开发经营，1650亩土地长期闲置。

　　一是未经审批将306亩国家划拨建设用地用于开发经营。包括：截流纪念园用地205亩（实际为收费公园），坛子岭旅游经营用地55亩，三峡工程大酒店用地约46亩。

　　二是1650亩土地长期闲置。1995年，三峡总公司征用大坝右岸鸡公岭及周边约1650亩土地，初步设计为建设输电线路直流换流站用地，后因设计变更取消换流站，导致该宗用地闲置至今。

　　（七）施工区三分之一水土流失面积尚未治理。

　　一、二期工程建设过程中，水土流失较为严重，特别是石料开采造成长江左岸下岸溪入口处严重淤积。据调查，施工区水土流失面积约7平方公里，占征地总面积的44%。经过近几年治理，目前仍有约2.1平方公里流失面积未治理，占水土流失面积的三分之一。